日本モーツァルト協会は1955年のモーツァルトの誕生日1月27日に､オーストリア共和国ザルツブルク市の「
国際モーツァルテウム財団」
(Internationale Stiftung Mozarteum, Salzburg)に本部を置く国際モーツァルト協会連合の一員として設立されました。
初代の堀内敬三（ほりうち けいぞう）会長、属啓成（さっか けいせい）会長に引き続いて、海老澤敏（えびさわ びん）理事長が協会の代表を務められましたが、海老澤先生は2009年6月にご健康上等の理由で辞任されました。現在は理事長職は空席となっており協会の代表は多田和弘副理事長が代行しております。
発足当初、協会は専門家を正会員、一般のモーツァルト愛好家を準会員とするものでした。ところが3年間に5回の例会を開催しただけで運営する人手がなくなり、存立の危機に立たされました。そこで準会員に手助けを呼びかけて、そのボランティア活動による運営態勢が発足しました。
その後、会員がそれぞれケッヒェル番号に因んだ会員番号を持つ会員制の団体になり、その後は会員制の特性を生かし、会員による自主運営を続けてまいりました。
協会が設立40周年を祝った1995年、我が国に特定非営利活動法人（NPO）制度が発足しました。協会はそれまで任意団体でありましたが、2000年にこのNPO法人の申請を行いました。そして同年10月、東京都からの認証を得て、協会は当時の海老澤会長を初代の理事長とするNPO法人として21世紀を迎えました。
2005年1月、協会は設立50周年を祝いました。50年間の延べ会員数は3,000人を超えました。また協会は2008年6月、東京カテドラル聖マリア教会で第500回記念例会を開催しました。
それまで協会運営は一部会員だけの手に委ねられていたことから、2008年9月、海老澤理事長主導のもとに運営体制が改革されました。その結果、民主的に選ばれた役員と大勢のサポーターによる体制ができ上がり、協会は「会員の、会員による、会員のための協会」に変わって、現在に至っております。
あなたがモーツァルトをお好きなら、日本モーツァルト協会はあなたのための協会です。特別の蘊蓄も愛好歴も要りません。今あなたがモーツァルトを好きでありさえすれば、日本モーツァルト協会の扉はあなたのために開かれています。
日本モーツァルト協会はモーツァルトを愛する人々の自発的な集まりです。発足以来、主として会費収入と会員の奉仕と協力によって支えられてきました。また、協会は1955年に設立されて以来、任意団体として活動しておりましたが、2000年に特定非営利活動法人（NPO）として認定されました。それ以来、協会はNPO法人として活動しております。
